Les coronavirus sont un groupe de virus à ARN appartenant à la famille des Coronaviridae. Cette famille est divisée en quatre genres, parmi lesquels les Betacoronavirus, le genre auquel appartient le SRAS-CoV-2, l’agent causal du COVID-19.
Les bétacoronavirus n’infectent que les mammifères et sont normalement responsables d’infections bénignes des voies respiratoires supérieures chez l’homme et de gastro-entérite chez l’animal. Dans le cas des infections causées par le SRAS-CoV-2, des effets très variables ont été observés, qui sont dus à de multiples facteurs qui sont encore à l’étude.
Le SRAS-CoV-2 mesure environ 50 à 200 nm de diamètre et son génome est un ARN monocaténaire de sens positif, d’une longueur d’environ trente mille nucléotides. Le génome du SRAS-CoV-2 possède quatre gènes pour les protéines structurelles caractéristiques des coronavirus qui sont désignées par les lettres S, E, M et N, en outre, il possède les gènes ORF qui codent pour des protéines non structurelles telles que des enzymes qui agissent pendant leur cycle de reproduction du virus.
Le SRAS-CoV-2 étant un virus à ARN, sa détection et son identification sont réalisées à l’aide d’une technique moléculaire appelée RT-PCR en temps réel, qui permet de transformer l’ARN du virus en ADN par un processus de transcription inverse. Par la suite, l’ADN obtenu entre dans le processus d’amplification au moyen d’une PCR en temps réel. Au fur et à mesure que de nouvelles copies d’ADN viral sont fabriquées, les marqueurs se fixent sur les brins d’ADN et émettent une fluorescence qui est capturée et mesurée par un ordinateur avec un logiciel spécifique. Lorsque la fluorescence dépasse un certain niveau, la présence du virus est confirmée.
Initialement, les marqueurs conçus pour la détection du SARS-CoV-2 étaient dirigés vers le gène N. Par la suite, de nouveaux protocoles de diagnostic ont été développés, qui en plus de cibler le gène N, ciblent également d’autres gènes, tels que E, S ou RdRp, dans le but d’augmenter la sensibilité et la spécificité, ainsi que d’éviter les résultats faux négatifs, en raison de l’ apparition de mutations.
La RT-PCR en temps réel est la technique la plus précise pour détecter le coronavirus. Il est très sensible et précis, offrant un diagnostic fiable en seulement trois heures.
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